Der Amerlingchor wurde im Herbst 1991 auf Wunsch des damaligen Direktors des Amerlinggymnasiums, Hofrat Dr. Höglinger, gegründet. Die musikalische Leitung des Chors übernahm Mag. Luzia Haidmayer, die ihn bis 2009 leitete. Der Chor bestand damals aus aktiven und ehemaligen Schülern sowie Lehrern. Einige der damaligen Schüler sind immer noch Mitglieder des Amerlingchors.
Das erste Konzert fand im Dezember 1991 am Todestag Wolfgang Amadeus Mozarts im Turnsaal des Amerlinggymnasiums statt. Der Chor sang drei einfache Stücke des Komponisten. Es folgten Auftritte bei Schulschlussfesten, am Tag der Offenen Tür, bei Gottesdiensten. Alljährlich veranstaltet der Amerlingchor ein Adventkonzert im Salvatorsaal der Pfarre Mariahilf.
Im Laufe der ersten fünf Jahre erarbeitete sich der Chor ein kleines Repertoire, welches es später ermöglichen würde, ein reines Chorkonzert zu singen. Dieses fand schließlich am 29. Oktober 1997, anlässlich des 200. Geburtstages von Franz Schubert, ebenfalls im Salvatorsaal statt. Das Konzert ermöglichte unter anderem auch eine intensive Chorwoche (damals in Podersdorf), welche bis heute ein wichtiger jährlicher Termin für alle Chormitglieder ist.
Einen nächsten Schritt setzte der Amerlingchor bereits im darauffolgenden Jahr, als er im März 1998 seine erste CD in einem Tonstudio aufnahm. In diesem Jahr war es ebenfalls erstmals möglich, zwei Chorgruppen zu führen: einen Unterstufenchor (Leitung Mag. Thomas Raab) und den "Oberstufenchor", dem schon viele ehemalige SchülerInnen angehörten. Bereits im Advent war es möglich, ein gemeinsames Konzert der beiden Chorgruppen zu veranstalten.
Zur Freude des Chores konnte sich das Amerlinggymnasium im Jänner 1998 beim Schulranking der Zeitschrift "News" im musischen Bereich auf den dritten Platz der österreichischen Schulen setzen. Im Beitrag wurde die CD des Amerlingchores speziell erwähnt.
1998 wurde in Podersdorf damit begonnen, Werke für Chor und Orchester einzustudieren. Dies führte zum ersten Konzert des Chors in der Mariahilferkirche, bei dem Antonio Vivaldis Gloria sowie die Krönungsmesse von Wolfgang Amadeus Mozart zur Aufführung kamen.
Die Tradition der Chorwoche hatte sich immer mehr etabliert, und so war 2000 Annaberg in Niederösterreich zum ersten Mal der Aufenthaltsort für die Trainingstage im Februar. Dieser blieb er ohne Unterbrechung bis zum Frühjahr 2006. Auf dem ersten Programm in Annaberg stand ein schon lange ersehntes Projekt: Das Requiem von Wolfgang Amadeus Mozart. Im November 2000 führte der Amerlingchor dieses Werk bei seinem nächsten Konzert, ebenfalls in der Mariahilferkirche, auf.
Es wurde beschlossen, zum zehnjährigen Jubiläum des Chores ein Konzert mit reiner Chormusik zu veranstalten, und sich gleichzeitig zum ersten Mal in diesen 10 Jahren an ein großes Werk Johann Sebastian Bachs zu wagen. Die Chortage 2001 und 2002 dienten dem Studium der Bach-Motette "Jesu, meine Freude", welche gemeinsam mit kleineren Werken von Heinrich Schütz, Antonio Vivaldi und Wolfgang Amadeus Mozart zum Jubiläumskonzert - abermals in der Mariahilferkirche - aufgeführt wurde.
Nachdem sich der Chor in den vorangegangen Jahren stark auf die Aufführung geistlicher Musik konzentriert hatte, wurde im Jahr 2004 das Programm für ein Konzert mit rein weltlichem Inhalt einstudiert. Im November 2004 wurde dieses Programm, welches aus Stücken von der Renaissance bis hin zu Romantik bestand, im wunderschönen Rahmen des Palais Eschenbach aufgeführt. Im darauffolgenden Jahr gab der Amerlingchor zusätzlich zum traditionellen Adventkonzert im Salvatorsaal am 19. Dezember 2005 noch ein weiteres weihnachtliches Konzert in den prunkvollen Räumlichkeiten des Liechtensteinmuseums.
Seinen Beitrag zum "Mozartjahr" 2006 leistete der Amerlingchor gleich mit drei Konzerten: Anfang Mai veranstalte er einen Abend mit einer Sammlung heiterer Stücke des Komponisten, und im Herbst gelangte, bereits zum zweiten Mal in der Geschichte des Chores, Mozarts Requiem in zwei Konzerten zur Aufführung, erst in der Mariahilfer Pfarrkirche und eine Woche später, zur Todesstunde Mozarts in der Nacht auf den 5. Dezember, im Stephansdom.
Nachdem Luzia Haidmayer im Frühjahr 2009 nach achtzehn Jahren die Leitung des Amerlingchors abgab, musste sich der Chor neu organisieren. Im Oktober wurden ChorleiterInnen-Castings abgehalten, bei denen die BewerberInnen jeweils eine knappe Stunde mit dem Chor probieren konnten. In einer demokratischen Abstimmung aller Chormitglieder wurde danach der vom Chor favorisierte Kandidat bestimmt. Seit Ende Oktober wird der Amerlingchor von Giuseppe Montesano geleitet.